پس از نزدیک به چهار دهه تلاش برای سامان بخشی به بایگانی‌های وزارتخانه‌ها، سازمان‌ها و دستگاه‌های دولتی، نهایتاً در سال 1349 سازمان اسناد ملی ایران (سابق) تاسیس شد.
بر طبق ماده اول قانون تأسیس سازمان، وظیفه اصلی آن: «جمع‌آوری و حفظ اسناد ملی ایران در سازمان واحد و فراهم آوردن شرایط و امکانات مناسب برای دسترسی عموم به آنها و همچنین صرفه‌جویی در هزینه‌های اداری و استخدامی از طریق تمرکز پرونده‌های راکد وزارتخانه‌ها و موسسات دولتی و وباسته به دولت و امحاء اوراق زائد»، (ماده اول، قانون تاسیس سازمان اسناد ملی ایران، مصوب 1349/2/17) بود.
پس از دو دهه فعالیتِ این سازمان، آرام آرام نیاز به فعالیت واحد مستقل پژوهشی نمایان گشت. در سال 1371 مسئولان سازمان با عنایت به نقش سازمان اسناد ملی به عنوان حافظه ملی کشور و نیز با در نظر گرفتن رسالت فرهنگی و پژوهشی آن و توجه به اهمیت نقش آرشیو ملی در نگهداری اسناد و مدارک، ضرورت شناسایی، ارزشیابی، تنظیم و توصیف، حفظ، نگهداری و مرمت، به منظور ایجاد زمینه‌های مطالعاتی و تحقیقاتی، اعتلای دانش آرشیوی و فن بایگانی، انسجام بخشیدن به پژوهش‌های تاریخی به ویژه تاریخ معاصر ایران، به کارگیری روش‌های نوین مرمت و بازسازی اسناد و آماده‌سازی مجموعه‌های موضوعی اسناد موجود در آرشیو برای ارائه به پژوهشگران و انجام تحقیقات لازم و نشر آنها طرح تاسیس موسسه‌ای مطالعاتی و تحقیقاتی در زمینه آرشیو و اسناد را با نام «پژوهشکده اسناد» به اجرا در آوردند.
این طرح پس از تصویب در سازمان مدیریت و برنامه ریزی وقت، در شورای گسترش آموزش عالی مطرح شد. این شورا در جلسه مورخ 72/2/4 خود موافقت اصولی و در جلسه مورخ 1382/8/17 موافقت قطعی خود را با ایجاد «پژوهشکده اسناد» وابسته به سازمان اسناد و کتابخانه ملی ایران اعلام کرد.
